A földtörténeti szempontból fiatal tó csupán 12-15 ezer éve, két párhuzamos törésvonal között alakulhatott ki. Az árkos mélyedést egyrészt a zivataros szelek egyre jobban kimosták, másrészt a hordalékok, a felszíni vizek és esőzések, továbbá a környéken élő birtokosok újra és újra feltöltötték, tehát a tó hol kiáradt, hol kiszáradt.
A tó az elmúlt másfél évezred folyamán tizennégyszer, azaz átlagosan mintegy 100 évente kiszáradt. A legutóbbi ilyen eset 1863 és 1866 között volt, amikor a Fertő is erre a sorsra jutott. Ebben az időszakban huszárok gyakorlatoztak a kiszáradt mederben. Ezzel szemben több alkalommal kiáradt, elöntve a parti területeket: a legjelentősebbek az 1838-as és az 1963-as tavaszi áradások voltak.
Jelenleg a tó természetes életútjának körülbelül a felénél tart, külső beavatkozások nélkül az elláposodás, majd feltöltődés lesz a sorsa néhány évezreden belül, a mederkotrás viszont drasztikus beavatkozás a tó élővilágába, a kitermelt több millió köbméter iszap a tavon kívülre való elszállítása és elhelyezése szinte megoldhatatlan feladat.
Az 1960-as évek végén kezdődött meg a tó akkori korszellemnek megfelelő szabályozása, ebben a természetvédelem mai szempontjai nem szerepeltek, ennek során a partvonal körülbelül felében a tó eredeti arculata teljesen elveszett.
A szabályozás keretében a Dinnyés–Kajtori-csatornán Dinnyésnél zsilipet, a Császár- vízen Zámolynál (1971-ben) és Pátkánál (1975-ben) víztározót építettek.
A tó medrének mintegy 50%-át 1977–1978-ban kotrással kimélyítették. A felgyűlt kotrási iszapból alakították ki mintegy 1 millió m³ iszap és nád felhasználásával a Cserepes-szigetet– amelyet ezt követően 6 m-es betoncölöpökkel cölöpöztek körbe –, valamint a Velencei-szigetet.
A kotrás hatására a nádasok aránya a tó felületének 60%-áról 40%-ára szorult vissza. A partvonal feltöltése és beton védművekkel való kiépítése miatt a természetes tópart csak kevés helyen maradt meg.
Az északkeleti parton a feltöltések miatt a tóból mintegy 100 méteres sáv elveszett. Az egykori partvonal közvetlenül az országút mentén húzódott, vonalát a még élő fűzfák mutatják. A tómeder feltöltött helyén strandot, bevásárlóközpontot, üdülőparkot építettek, a maradék területet felparcellázták. Az északi partvonal kelet felé eső szakaszán két és fél kilométer hosszban evezős pályát építettek, a természetes környezet, nádas itt sem maradt meg.
A tópart természetközeli arculatát nagyarányú építkezések változtatták meg. Az első nagyobb modern épület az Expressz Ifi szálló volt a velencei vasútállomás mellett, ez az 1970-es évek elején épült. 2000 után a közel egy évszázadig működő régi strand helyén több épületből álló wellness-szálló létesült, majd 2010 körül kezdődött a feltöltött északkeleti parton a pláza építése. Mind ezek a változások végleg eltüntették a tó nagy részének természetközeli arculatát.